Investigation of the germline PALB2 variants in cancer patients using the next generation sequencing in Türki

Abstract

Aim: The study aimed to investigate germline PALB2 gene variants in 1056 cancer patients in Türkiye, selected based on the National Comprehensive Cancer Network guidelines for genetic/familial high-risk assessment related to breast, ovarian, and pancreatic cancer. Materials and Methods: The next-generation sequencing analysis of genomic DNA was performed using a Sophia Hereditary Cancer Solutions Panel for PALB2 gene mutation screening. Results: The PALB2 genetic variants were detected in 48 patients, including 20 patients with pathogenic or likely pathogenic variants and 28 patients with variants of uncertain significance. The most common PALB2 mutations were the frameshift mutations c.557dupA p.(Asn186Lysfs*4) and c.509_510del p.(Arg170Ilefs*14), found in 0.57% and 0.28% of patients, respectively. Conclusion: The findings of the study emphasize the importance of PALB2 gene analysis for breast cancer predisposition in Türkiye.

Amaç: Çalışmada, meme, yumurtalık ve pankreas kanseri ile ilgili genetik/ailesel yüksek risk değerlendirmesi için Ulusal Kapsamlı Kanser Ağı kılavuzlarına göre seçilen, Türkiye'deki 1056 kanser hastasında germline PALB2 geni varyantlarının araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: PALB2 geni mutasyon taraması için Sophia Kalıtsal Kanser Çözümleri Paneli kullanılarak genomik DNA'nın yeni nesil dizileme analizi gerçekleştirildi. Bulgular: PALB2 genetik varyantları, 20 hastada patojenik veya muhtemel patojenik varyant ve 28 hastada belirsiz öneme sahip varyantlara sahip olmak üzere toplam 48 hastada tespit edildi. En yaygın PALB2 mutasyonları, hastaların sırasıyla %0,57 ve %0,28'inde bulunan c.557dupA p.(Asn186Lysfs*4) ve c.509_510del p.(Arg170Ilefs*14) çerçeve kayması mutasyonlarıydı. Sonuç: Araştırma bulguları, Türkiye'de meme kanseri yatkınlığı açısından PALB2 gen analizinin önemini vurgulamaktadır.